W większości plików źródłowych stosowane jest standardowe kodowanie znaków, jednak niektóre pliki korzystają ze specjalnych rozwiązań wewnętrznych. Aby przekonwertować takie pliki, program PDF Convert musi korzystać z funkcji optycznego rozpoznawania znaków (OCR).
W celu wyodrębnienia tekstu za pomocą wbudowanego mechanizmu optycznego rozpoznawania znaków (OCR) należy zaznaczyć pole wyboru Rozpoznaj niestandardowo zakodowane strony w sekcji Opcje przetwarzania, która jest wyświetlana na wszystkich czterech panelach przetwarzania (Dokument standardowy, Dokument urzędowy, Arkusz kalkulacyjny i Formularz). Domyślnie to ustawienie jest włączone. Aby uzyskać szczegółowe informacje, zobacz Dokument standardowy.