Oprócz dobrze znanych metod ochrony, takich jak stosowanie zapór, skanowanie w poszukiwaniu wirusów i korzystanie z oprogramowania antyszpiegowskiego, program udostępnia kompleksowy system zabezpieczania dokumentów PDF na różnych poziomach ochrony.
W dokumencie PDF można zastosować schemat zabezpieczenia hasłem, który wymaga podania hasła w celu otwarcia dokumentu i/lub podania kolejnego hasła w celu ustawienia lub zmiany szeregu dozwolonych i niedozwolonych działań.
Zastosowanie schematu zabezpieczenia certyfikatem do dokumentu umożliwia zaszyfrowanie go za pomocą klucza publicznego otrzymanego od zaufanego kontaktu, tak aby dokument mógł zostać odszyfrowany tylko przez ten kontakt lub przez partnerów dysponujących odpowiednim kluczem prywatnym, zgodnie z opisem w sekcji Udostępnianie certyfikatów zabezpieczeń.
Dzięki użyciu podpisów cyfrowych dla dokumentu PDF można określić dozwolone akcje. Ostrzeżenie jest wyświetlane nawet w przypadku dokumentu bez ustawień zabezpieczeń, jeśli po jego podpisaniu zostaną w nim wprowadzone jakieś zmiany. Weryfikacja podpisu cyfrowego w odniesieniu do przychodzącego dokumentu PDF pozwala upewnić się, że dokument został wysłany przez zaufany kontakt.
Funkcje redakcji i usuwania elementów dokumentu pozwalają na tworzenie publicznych wersji dokumentów zawierających dane o charakterze poufnym.
Na potrzeby bezpiecznego dostarczania można przygotować pakiet wiadomości e-mail: w tym celu należy wybrać stronę koperty, jeden lub więcej dołączonych dokumentów PDF, konkretną metodę szyfrowania stosowaną do pakietu oraz podpis cyfrowy.
Zobacz też Preferencje zabezpieczeń i Panel zabezpieczeń. Zabezpieczenie hasłem i certyfikatem wiąże się z szyfrowaniem treści dokumentu; podpisy i certyfikowane dokumenty chronią podpis i powiązane z nim dane przez szyfrowanie. Aby uzyskać szczegółowe informacje na temat dostępnych poziomów szyfrowania, zobacz Informacje o wersjach formatu PDF.